В далёком будущем мир разделён на два враждебных блока - Западный и Восточный, где не утихает холодная война. В центре сюжета оказывается Милен, шпионка-киборг под номером 009-1, представляющая Западный блок. Её новая миссия приводит её в страну J, которая является пограничной зоной между двумя противоборствующими силами.
Цель Милен - проникнуть в теничную сеть торговцев людьми и прервать их преступную деятельность. В ходе сложной операции она встречает Криса, молодого человека, который становится ключевым источником информации для неё. Их краткий контакт оставляет след в душе шпионки, несмотря на все её киборгические усовершенствования.
После выполнения задания Милен покидает страну J, но образ Криса не выходит из её мыслей. Её чувства и долг начинают конфликтовать, ведь она понимает, что информация от Криса может быть важнее, чем казалось на первый взгляд. Шпионка осознаёт, что между ней и парнем возникла некая связь, которая заставляет её задуматься о ценности человеческих отношений в мире, где царит лишь холодный расчёт.
История Милен 009-1 раскрывает тему сложного выбора между личными чувствами и выполнением долга. Она вынуждена балансировать на грани между своими киборгическими инструкциями и человечностью, которая просыпается в ней при встрече с Крисом. Это столкновение интересов и эмоций делает её путь не только физически опасным, но и моральным испытанием.
Фильм "009-1: Конец начала" погружает зрителя в мир будущего, где технологии и человечность сталкиваются лицом к лицу. Милен должна найти свой путь в лабиринте предательств и интриг, сохраняя верность своему блоку и одновременно пытаясь сохранить искру надежды на мирное будущее для всех людей, независимо от того, к какому блоку они принадлежат.