В третьей части приключений Черепашек-ниндзя Эйприл О'Нил находит на распродаже старинный японский скипетр, который оказывается ключом к машине времени. Неожиданно для всех, этот артефакт переносит её в феодальную Японию XVII века. За ней следуют Черепашки-ниндзя, но вместо храма, где должен был находиться скипетр, они попадают прямо на поле битвы. В хаосе сражения Микеланджело теряется вместе со скипетром.
Герои понимают, что им предстоит не только спасти Эйприл, но и вернуть устройство, способное переносить в прошлое, чтобы предотвратить возможные катастрофические последствия для обоих времен. В современном Нью-Йорке тем временем начинаются свои проблемы: без скипетра портал между временами остается открытым, что приводит к неожиданным и опасным событиям.
Черепашки-ниндзя, вооруженные своими навыками ниндзя и мудростью своего наставника Сплинтера, должны проявить смекалку и отвагу, чтобы решить эту сложную задачу. Они вступают в альянс с местными самураями и используют свои умения для борьбы против врагов феодальной Японии, одновременно пытаясь найти способ вернуться домой.
Каждый из братьев сталкивается со своими внутренними демонами и внешними препятствиями на пути к спасению Эйприл и возвращению скипетра. Их приключения в далеком прошлом становятся испытанием не только для тела, но и для духа, проверяющим их братские узы и веру в себя.
