После своих героических подвигов в первом фильме, Черепашки-ниндзя возвращаются на экраны, чтобы вновь столкнуться с опасностями Нью-Йорка. В этот раз они сталкиваются не только со старым врагом Шредером и его кланом Футов, но и с новыми противниками - мутантами Токкой и Разаром. Эти могучие существа появляются в результате утечки мутагена, вещества, которое когда-то превратило четырех черепашек из обычных грызунов в воинов-ниндзя.
В центре событий оказывается Эйприл О'Нил, журналистка, которая помогает черепашкам. Вместе с профессором Джорданом Пери и разносчиком пиццы Кено они пытаются остановить распространение мутагена и предотвратить появление новых монстров, угрожающих безопасности города. Черепашки, вооруженные своими ниндзя-умениями и боевыми искусствами, вступают в схватку с Токкой и Разаром, демонстрируя ловкость и мастерство.
В ходе приключений раскрывается тайна изумрудного зелья - источника мутагена. Оказывается, Шредер не уничтожил все запасы вещества после первого поражения, а сохранил их для своих коварных планов. Черепашкам предстоит не только победить новых врагов, но и выяснить, кто стоит за производством мутагена.
Фильм сочетает в себе элементы комедии и фантастики, предлагая зрителям динамичные бои и забавные моменты. Черепашки-ниндзя показывают свою преданность дружбе и справедливости, сражаясь за будущее своего города. Их борьба с преступностью и мутациями становится настоящим испытанием для юных героев, но их единство и сила духа помогают им преодолевать все препятствия на пути к победе над злом.
