В начале 60-х годов, на фоне карибского кризиса, разворачивается история о становлении двух легендарных лидеров мутантов - Чарльза Ксавье и Эрика Леншерра. Молодой профессор Ксавьер, обладающий необычным даром читать мысли других людей, стремится создать школу для детей-мутантов, чтобы научить их контролировать свои способности и жить в гармонии с обычными людьми.
Эрик Леншерр, будущий Магнито, также мутант с уникальной силой манипулирования металлом, ищет месть за жестокости, которые он и его семья испытали от рук нацистов во время Второй мировой войны. Встреча Ксавье и Леншерра происходит в контексте борьбы против Клуба Адского Пламени, возглавляемого Себастьяном Шоу - мутантом-расистом, мечтающим о ядерной войне, которая, по его мнению, позволит мутантам доминировать над человечеством.
Ксавьер и Леншерр объединяют усилия, чтобы остановить Шоу, но их взгляды на будущее мира разделяются. Ксавьер верит в возможность сосуществования мутантов и людей, в то время как Леншерр убежден, что мутантам необходимо взять власть в свои руки. Это приводит к конфликту между друзьями и разделяет их пути: Ксавьер основывает школу для Людей Икс, а Леншерр создает Братство мутантов.
Фильм "Люди Икс: Первый класс" раскрывает корни противостояния между двумя бывшими друзьями и показывает, как их разные убеждения привели к созданию двух мощных группировок мутантов, каждая из которых следует своему пути в борьбе за будущее мира.
