Испания, 1944 год. Время после Гражданской войны, когда в горах Наварры разгорается борьба между повстанцами и фашистами. Девочка Офелия переезжает с матерью Кармен к своему новому отчиму, капитану Видалю - жестокому офицеру армии Франко. Он одержим идеей уничтожить повстанцев в этих лесах.
Офелия, увлеченная сказками и фантазиями, открывает для себя старинный лабиринт рядом с домом. Там она встречает Фавна - мифическое существо, которое утверждает, что Офелия является потерянной принцессой волшебного королевства, которую искал её отец многие века.
Фавн предлагает девочке вернуться в своё истинное царство, но для этого ей предстоит пройти три испытания до полнолуния. Эти испытания должны оставаться тайной от всех вокруг. В то же время реальный мир Офелии наполнен ужасами войны и жестокостью её отчима.
Вместе с магическим миром, где она встречает различных волшебных существ, жизнь Офелии переплетается с трагическими событиями войны. Её мать ожидает ребенка, а здоровье ухудшается. Видаль жестоко преследует повстанцев, не подозревая о тайне своей приемной дочери.
Фильм "Лабиринт Фавна" - это история о переходе между реальностью и фантазией, где каждый выбор Офелии имеет свои последствия. Это притча, вдохновленная сказками, и духовный наследник фильма Гильермо дель Торо "Хребет дьявола".