В центре сюжета фильма "Мандарины" - события, разворачивающиеся в Абхазии 1992 года на фоне военного конфликта между грузинами и абхазцами. В опустевшем эстонском селе остались лишь несколько человек: Иво, владелец товарного цеха, его сосед Маргус, занимающийся мандариновой плантацией, и местный доктор Юхан, готовящийся к отъезду. Маргус также планирует уехать в Эстонию, но только после сбора урожая.
Возле села происходит боестолкновение, в результате которого Иво и Маргус находят раненого чеченского наемника Ахмеда, воюющего на стороне абхазцев. Они забирают его к себе домой для лечения. В ту же ночь, когда Маргус хоронит погибших, он обнаруживает еще одного выжившего - молодого грузина Нику. Парня также привозят в дом Иво.
Под одной крышей оказываются представители враждующих сторон: Ахмед и Ника. Их присутствие создает напряженную атмосферу, ведь каждый из них представляет разные интересы в конфликте. Однако обстоятельства заставляют их искать общий язык, несмотря на ненависть и недоверие.
Фильм исследует темы войны и мира, человечности и жестокости, показывая, как даже в условиях разгула насилия могут возникать моменты настоящего взаимопонимания. "Мандарины" - это история о том, что даже в самые тяжелые времена люди способны на сострадание и помощь друг другу, несмотря на различия и вражду между их народами.