В эпоху объединённой Японии под властью первого сёгуна Токугавы разгорается конфликт между двумя кланами ниндзя - Кога и Ига. Последняя надежда на мир в их деревнях лежит на плечах Генносукэ из Кога и Оборо из Ига, чья любовь могла бы положить конец вековым распрям. Однако заговоры Токугавы вновь разжигают вражду между кланами.
Генносукэ, преданный идеям мира и единства, стремится защитить свою деревню от новых угроз, в то время как Оборо, воспитанная в духе борьбы, видит в сражениях единственный способ разрешения конфликтов. Их пути разделяются, когда каждый из них выбирает свой путь - один к миру, другой к войне.
Ниндзя, или синоби-но-моно, были не просто воинами; они владели искусством ниндзюцу и специализировались на шпионаже, обмане и внезапных атаках. Их история уходит корнями в средневековую Японию, к временам периода Сэнгоку, когда страна была раздроблена на множество враждующих государств.
В этом фильме "Синоби" зрители становятся свидетелями трагической любви и борьбы двух ниндзя, чьи судьбы переплетены с историей их кланов. Их выбор определит будущее деревень, но также приведёт к личным жертвам и сложным моральным дилеммам.