В центре сюжета фильма "Черепа 3" - студентка Тэйлор Брукс, стремящаяся вступить в закрытое студенческое общество "Черепа", которое славится своими тайнами и влиянием. Её мотивация усиливается трагедией: четыре года назад во время посвящения погиб её брат. Несмотря на запрет для женщин, Тэйлор упорно добивается своего, но это приводит к конфликту с консервативными членами общества.
После вступления начинается череда неприятностей: один из друзей Тэйлор найден мертвым, а сама она оказывается подозреваемой. Девушка понимает, что стала жертвой интриг внутри "Черепов". Теперь ей предстоит разоблачить настоящих виновников и восстановить свою репутацию.
Тэйлор начинает собственное расследование, в ходе которого обнаруживает темные стороны общества. Она сталкивается с сопротивлением и недоверием со стороны других студентов и даже преподавателей. Но её решимость и умение находить союзников помогают ей идти вперед, несмотря на растущие опасности.
Фильм затрагивает темы предвзятости, власти и коррупции в академической среде, показывая борьбу одной девушки против системы, которая не желает меняться.