Фильм "Аннигиляция" погружает зрителя в таинственный мир изменений, вызванных падением метеорита на Землю. Эта небесная гостья превращает маяк и окрестности вокруг него в зону, где законы природы теряют свою привычную силу. Главная героиня, биолог Лина, переживает личную трагедию: её муж Кейн исчезает во время секретной миссии, и спустя год внезапно возвращается домой в изменённом состоянии.
Кейн появляется перед Линой бледным и дезориентированным, а вскоре у него начинаются судороги и кровотечения. Вскоре после этого военные забирают его, и Лина обнаруживает себя на секретной базе рядом с той самой загадочной зоной, известной как "Шimmer". Эта территория стала местом для многочисленных экспедиций, но вернуться живым удалось лишь одному человеку - её мужу.
Лина решает присоединиться к новой миссии в "Шиммер", чтобы понять природу происходящих изменений и найти ответы на вопросы о судьбе своего мужа. Вместе с командой ученых она отправляется в путешествие, полное опасностей и неизвестности. Они сталкиваются с феноменами, которые ставят под сомнение их понимание реальности: растения и животные внутри зоны мутируют и ведут себя необычайно агрессивно.
Экспедиция раскрывает перед героинями ужасающие тайны "Шиммера", где каждый шаг может быть последним. Лина и её команда обнаруживают, что изменения проникают всё глубже в саму сущность живых существ, включая человека. Они сталкиваются с собственными страхами и внутренними демонами, которые принимают физические формы.
По мере продвижения к центру зоны героини понимают, что "Шиммер" - это не просто место, где происходят странные явления, но и отражение их собственных переживаний. Фильм заставляет задуматься о природе изменений, самоидентификации и границ между человеком и окружающим миром.