В "Годзилла против Мехагодзиллы 3" ученые Японии решают создать мощное оружие для защиты от возможного возвращения Годзиллы, которая уже не раз терроризировала страну. Их ответом становится Механическая Годзилла - огромный робот, оснащенный всеми способностями настоящего монстра. Для его создания используют органические ткани, выращенные из молекул ДНК Годзиллы, сохраненных с 1954 года.
Когда Годзилла вновь появляется и начинает разрушение, японские власти решаются на отчаянный шаг - выпустить Меха-Годзиллу против своего прототипа. Так начинается эпическое противостояние двух гигантов, где каждый из них демонстрирует невероятную силу и ловкость.
Фильм является частью богатой истории франшизы о Годзилле и включает в себя элементы сюжетных линий предыдущих картин, таких как "Годзилла", "Мотра", "Санда против Гайры" и "Космическая амёба". Несмотря на то что "Годзилла против Мехагодзиллы-3" не является прямым продолжением или сиквелом предыдущих фильмов о Мехагодзилле, его сюжетная линия тесно переплетается с событиями этих кинопроизведений и создает основу для последующих приключений Годзиллы.