В центре сюжета фильма "Тайна в его глазах" - судебный служащий Бенхамин Эспосито, который в 1974 году начинает расследование жестокого преступления. Женщина по имени Лилиана Колменарс была изнасилована и убита у себя дома в Буэнос-Айресе. Вместе с двумя коллегами Эспосито приступает к делу, которое оказывается не просто сложным, но и чрезвычайно личным.
В ходе следствия они выходят на главного подозреваемого - Рикардо Миранду, бывшего полицейского, который ранее уже был замешан в преступлениях. Однако доказательств недостаточно для обвинения, и Миранда остается на свободе. Это событие становится поворотным не только в карьере Эспосито, но и в его личной жизни - он влюбляется в жену погибшей, Исабель.
Проходят годы, и Бенхамин решает написать отчет о закрытом деле, чтобы понять, что же на самом деле произошло. Это становится своего рода исповедью для него, попыткой разгадать тайну в глазах Лилианы и найти ответы на вопросы, которые мучили его столько лет.
Фильм погружает зрителя в атмосферу политических потрясений Аргентины 70-х годов, показывая, как личные трагедии переплетаются с историческими событиями. "Тайна в его глазах" - это история о поиске истины, о том, как прошлое влияет на настоящее и как важно не отступать перед лицом сложностей, даже если цена будет высокой.