В центре сюжета фильма "Тёмные воды" - Ёсими, которая вместе со своей пятилетней дочерью обитает в мрачном здании многоэтажек. Их жизнь омрачена не только унылой атмосферой дома, но и странными явлениями: вода из потолка и стен кажется живой, проникая в их жилище тёмной влагой. Но самое тревожное - это маленькая красная сумочка, которая принадлежала девочке, исчезнувшей два года назад при таинственных обстоятельствах.
Эта сумка словно призрак прошлого, появляясь в самых неожиданных местах и напоминая о страхе и неизвестности, окутывающих судьбу пропавшей ребёнка. Ёсими пытается разгадать тайну этой сумочки и связанные с ней события, которые начинают влиять на её собственную жизнь и безопасность дочери.
С каждым днём ситуация обостряется, и вода в доме становится не просто водой - она превращается в символ чего-то зловещего и неизбежного. Ёсими ощущает, что за происходящим стоит нечто большее, чем простые галлюцинации или случайности.
Фильм погружает зрителя в атмосферу нарастающего ужаса и паранормального напряжения, где вода становится проводником между миром живых и мёртвых. "Тёмные воды" - это история о борьбе с невидимым противником, который может быть везде и нигде одновременно, вызывая чувство беспомощности и страха перед неизвестностью.