В центре сюжета фильма "Не брать живым" - офицер армии США Рой Миллер, который руководит мобильной поисковой группой в Зелёной зоне Багдада. Их задача - найти оружие массового уничтожения после вторжения в Ирак. Однако Миллер вскоре понимает, что информация, на основе которой ведётся расследование, является недостоверной.
Разочарованный отсутствием доказательств наличия ОМУ, Миллер начинает собственное расследование и обнаруживает, что военные власти намеренно искажают факты. Его попытки вывести на чистую воду тех, кто скрывает правду, сталкиваются с противодействием со стороны сотрудников Министерства обороны США.
В частности, ему противостоит Кларк Паундстоун, который пытается помешать Миллеру в его поисках истины. В ходе расследования Миллер встречает местного информатора, который может помочь ему разгадать тайну иракского оружия, но их союзник оказывается не тем, кем казался.
Сюжет фильма поднимает вопросы ответственности за распространение дезинформации в военных целях и показывает сложность поиска правды на фоне политических интриг. Миллеру предстоит преодолеть множество препятствий, чтобы его голос был услышан, а истина - раскрыта.