В разгар Японо-китайской войны, в 1937 году, американский гробовщик Джон прибывает в католическую церковь Нанкина для подготовки к похоронам священника. Однако его планы меняются, когда он оказывается в центре военных действий. Вокруг него - только женщины: ученицы монастыря и проститутки из соседнего борделя. Став единственным мужчиной среди них, Джон принимает решение выдать себя за священника, чтобы защитить их от надвигающейся опасности.
Японская армия приближается к Нанкину, и город готовится к жестоким испытаниям. Джон понимает, что его новый статус может стать ключом к спасению обеих групп женщин - тех, кто искал убежище в монастыре, и тех, чья жизнь была связана с борделем. Он использует свое положение, чтобы создать иллюзию защиты церкви от военных, надеясь таким образом предотвратить массовые убийства.
Джон проявляет неожиданную смелость и изобретательность в борьбе за выживание всех находящихся под его защитой. Его действия становятся символом сопротивления и надежды в условиях хаоса войны. Вокруг него разворачивается история о мужестве, самопожертвовании и человечности, которая проявляется даже в самые темные времена.
Фильм "Цветы войны" основан на романе Янь Гэлина "13 цветов Нанкина", который, в свою очередь, опирается на дневниковые записи миссионерки Минни Вотрин. Это история о трагедии и героизме, разворачивающаяся на фоне одного из самых ужасных событий в истории человечества - массовых убийств во время Нанкинской резни.