В центре сюжета фильма "Дневник пастыря" находится преподобный Толлер, переживающий глубокий духовный кризис после трагической гибели сына на войне в Ираке и последующего развода. Он находит временное утешение в служении церкви и алкоголе, но его внутренний мир остается разрушенным.
Все меняется, когда к Толлеру обращается молодая прихожанка Мэри с просьбой поговорить со своим мужем - экологом-активистом. Мужчина, полный убеждений и страсти к защите окружающей среды, в итоге принимает решение уйти из жизни, что оставляет Толлера озадаченным и не в силах отпустить их разговоры.
После смерти активиста Толлер не может отделаться от мыслей о его словах. Он начинает погружаться в тему экологического кризиса, изучая информацию в интернете о загрязнении и разрушении природы. Эти новые знания вызывают у него внутренний конфликт: с одной стороны, он стремится следовать устоявшимся традициям своей церкви, а с другой - его все больше привлекает идея борьбы за сохранение планеты.
В поисках смысла и ответов на мучившие его вопросы Толлер оказывается перед сложным выбором. Его личная трагедия переплетается с глобальными проблемами современности, заставляя зрителя задуматься о моральных дилеммах и возможностях индивидуума в борьбе против всемирного зла.