В средневековой Англии десятилетний Роб Коул теряет мать, умирающую от неизвестной болезни. Это трагическое событие становится для него стимулом искать ответы в медицине и спасать жизни других. Путешествие Роба приводит его к шарлатану Барберу, который обучает его основам целительства, а затем - к великому ученому Авиценне в Персии. Учитель видит в юноше необычный дар и предостерегает от опрометчивых шагов, противоречащих времени.
Несмотря на предупреждения, Роб продолжает свой путь, стремясь к знаниям. Он сталкивается с рисками и опасностями: проводит исследования на человеческом теле, что считается преступлением, и влюбляется в женщину, уже обещанную другому мужчине. Эти действия ставят под угрозу его жизнь, но жажда знаний и желание помогать людям побуждают Роба идти вперед, несмотря на все препятствия.
Фильм "Лекарь: Ученик Авиценны" - это история о поиске истины и мужестве противостоять предрассудкам в эпоху средневековых верований и ограничений.