В центре сюжета фильма "Сомнение" - напряженное противостояние между сестрой Элозиус и отцом Флинном, священником католической школы. Сестра Элозиус, неуступчивая и принципиальная директорша, обнаруживает признаки неподобающего поведения отца Флинна в отношении чернокожего ученика. Она стоит перед моральным выбором: выступить с обвинениями и нарушить спокойствие школы или же сохранить молчание ради репутации учебного заведения.
Элозиус, известная своей непоколебимостью в вопросах морали и традиций, начинает собственное расследование. Ее подозрения усиливаются, когда она находит личные письма отца Флинна, которые могут указывать на его гомосексуальные наклонности. Это открытие ставит под сомнение не только профессиональную этику священника, но и саму суть его веры.
Сложность ситуации усугубляется тем, что в школе работает еще один учитель - мистер Гилберт, который пытается поддерживать баланс между строгими правилами сестры Элозиус и желанием защитить отца Флинна. Он становится своеобразным посредником в этом конфликте.
Развитие событий приводит к тому, что Элозиус начинает открытую атаку на священника, используя свои связи и влияние для сбора доказательств его вины. Она обращается за помощью к журналисту, который может подорвать репутацию церкви, но в этот момент появляется возможность, которая ставит под сомнение все ее предположения.
Фильм исследует темы веры, доверия и справедливости через призму личной борьбы главных героев. "Сомнение" заставляет зрителя задуматься о границах моральной ответственности и о том, как далеко может зайти человек в поисках истины, рискуя потерять свою веру в людей и институты.