В мире, где Япония стала небесным островом, а Готэм принимает на себя атаки якудза, Бэтмен возвращается из феодального прошлого в современность. Он сталкивается с новой реальностью: Лига справедливости исчезла без следа, и его город осажден вражескими кланами. Вместе с юным Робином он отправляется на летающий остров, чтобы разобраться в происходящем.
Там Бэтмен обнаруживает, что его бывшие союзники из Лиги справедливости теперь служат различным якудза-кланам, каждый со своими уникальными способностями и феодальной лояльностью. Среди них - Кураку, воин из стали, ставший одним из самых могущественных противников Тёмного рыцаря.
Бэтмен-ниндзя, облаченный в доспехи древней Японии, должен объединить своих разрозненных друзей и противостоять угрозе якудза. Он использует всю свою хитрость, боевые навыки и умение вести за собой, чтобы восстановить порядок и вернуть Готэм в нормальное состояние.
Конфликт между западными супергероями и восточными традициями обостряется с каждым боем. Ставки высоки: будущее Готэма и его жителей зависит от исхода этой феодальной войны на небесах. Бэтмен должен преодолеть разделяющие их различия, чтобы победить врага и восстановить мир в своём городе.
