В древней Японии, в провинции Ямасиро, разразилась эпидемия чумы, заставившая местных жителей покинуть свои дома. Клан Мотидзукэ отправил на разведку остатки ниндзя клана Кога, но те столкнулись с неизвестными существами невероятной силы. Спастись удалось лишь одной девушке-ниндзя по имени Кагэро, которую спас бродячий воин Дзюбэй Кибагами.
Дзюбэй, не подозревая об истинном происхождении своих врагов, убил одного из Восьми демонов Кимона - могущественных существ с поразительными способностями. Это действие сделало его смертельным врагом для оставшихся семи демонов. Главный герой, прототипом которого послужил реальная историческая личность Ягю Дзюбэй Мицуёси, обладает уникальным навыком создавать мощную струю воздуха взмахом меча.
Фильм "Манускрипт ниндзя" выделяется среди других аниме своей жестокостью и реалистичностью, став классикой жанра исторического боевика. Сюжет картины полон динамики и напряжения, следуя за приключениями Дзюбэя в его борьбе против демонических сил.
