В центре сюжета - Ю Отосака, обычный подросток с необычным даром: он способен временно заимствовать способности других людей, касаясь их или находясь рядом. Однако Ю предпочитает скрывать свои паранормальные способности и вести жизнь типичного школьника. Все меняется в тот день, когда он встречает Нао Томори - девушку с необычайной силой воли и решимостью.
Нао обладает уникальной способностью управлять временем, что делает её одной из самых могущественных людей в мире Шарлотты. Их встреча становится поворотным моментом для Ю, ведь Нао знает тайну зарождения сверхспособностей и может помочь ему разгадать загадку своего дара.
События сериала развиваются на фоне сложных отношений между героями и других персонажей, обладающих различными способностями. Вокруг Ю и Нао возникает множество конфликтов и интриг, ведь их встречи не случайны - они связаны общей судьбой в мире, где сверхспособности являются нормой.
Ю стремится понять происхождение своих сил и контролировать их, а его путь переплетается с жизнями других людей, обладающих подобными способностями. Встреча с Нао открывает перед ним новые горизонты и ставит перед сложным выбором: использовать свои способности для собственной выгоды или же идти по пути самопожертвования ради большего блага.
Сериал "Шарлотта" исследует темы взросления, ответственности и взаимосвязей между людьми в мире, где границы реального и фантастического стираются. Ю и Нао вместе сталкиваются с трудностями, которые их сверхспособности приносят, учитывая последствия своих действий и пытаясь найти свой путь в этом необычном мире.