В недалеком будущем человечество достигло невиданных высот в области кибернетики: каждый может заменить свои органы на высокотехнологичные имплантаты, продлевая жизнь и улучшая физические способности. Однако прогресс привнес новые угрозы - появились кибератаки, направленные на похищение личности человека, его памяти и тела. В этом мире, где граница между человеком и машиной стирается, майор Мотоко Кусанаги и ее команда из Девятого отдела занимаются расследованием самых сложных дел, связанных с киберпреступностью.
После убийства премьер-министра Японии начинается охота за преступниками, которые используют новейшие технологии для своих целей. Мотоко и ее коллеги сталкиваются с загадочным противником, способным манипулировать информационными сетями и внедряться в сознание людей. Расследование приводит к открытию шокирующих секретов, которые затрагивают саму суть человеческого "я" и будущее общества.
Девятый отдел погружается в мир, где реальность и виртуальность переплетаются, а мотивы преступников остаются непостижимыми до самого конца. Майор Кусанаги, обладающая как биологическим телом, так и кибернетическими имплантатами, становится ключевой фигурой в борьбе против нового вида терроризма. Ее личные переживания и поиски собственной идентичности становятся частью более широкого противостояния между технологией и человечностью.