В центре сюжета фильма "Время ниндзя" - молодой человек по имени Иттоки Сакураба, чья жизнь резко меняется после открытия тайны его происхождения. Оказывается, он является наследником знатного клана ниндзя Ига, занимающего девятнадцатое место в династической линии. Внезапно мирный парень сталкивается с угрозой со стороны клана Кога, который жаждет его смерти и стремится уничтожить не только самого Иттоки, но и всю его деревню.
Чтобы защитить себя и свою родную землю от недругов, Иттоки принимает решение обучаться искусству ниндзюцу. Он поступает в престижную академию Кокутэн, где вместе с другими талантливыми учениками из разных деревень осваивает навыки современных ниндзя. В академии Иттоки не только развивает свои боевые способности, но и учится работать в команде, что крайне важно для предстоящих испытаний.
Противостояние с кланом Кога становится основной задачей для Иттоки и его новых друзей. Они понимают, что только объединив усилия, они смогут положить конец вековой вражде между двумя кланами. В фильме показано, как молодой ниндзя преодолевает себя, учится контролировать свои способности и становится лидером для своих товарищей.
Иттоки Сакураба проходит путь от обычного парня до настоящего воина, готового защищать свою деревню и честь клана Ига. Его история наполнена драматизмом, борьбой и взаимопомощью, что делает "Время ниндзя" увлекательным путешествием в мир древних традиций и современных боевых искусств.
