В будущем, где кибер-технологии прочно вошли в жизнь каждого человека, появляется загадочный хакер Кукловод. Его действия начинают влиять на политику и общество, что заставляет Министерство Общественной Безопасности отправить на его поимку элитный отряд "9-й Отдел". Возглавляемая майором Мотоко Кусанаги команда полицейских, оснащенных последними достижениями в области кибернетики, должна остановить преступника. В погоне за Кукловодом герои сталкиваются с вопросами идентичности и человечности, ведь границы между человеком и машиной становятся все более размытыми. Чем дальше продвигается расследование, тем глубже персонажи погружаются в мир, где каждый может быть под контролем, а безопасность личности оказывается под угрозой из-за возможностей "взлома мозга".