Фильм "Волшебница Мадока Магика 3" продолжает историю вселенной, созданной после действий главной героини Мадоки. В новом мире ведьмы исчезли, но на их место пришли призраки - новые враги, с которыми теперь сталкиваются волшебницы. Главная героиня Хомура, несмотря на изменения в мире, продолжает бороться со своими внутренними демонами и одиночеством, чувствуя отсутствие Мадоки.
После перестройки Вселенной Мадокой, Хомура обретает мир, где больше не существует ведьм. Однако человеческое отчаяние находит новый способ проявления в виде призраков - существ, с которыми теперь сталкиваются девочки-волшебницы. Хомура, несмотря на отсутствие традиционных врагов, продолжает свой путь борьбы. Она ищет способы преодолеть свое одиночество и чувство утраты после того, как Мадока приняла решение изменить сущность их мира.
Этот мир, хоть и лишен ведьм, но не обрел полного покоя. Хомура, оставшаяся без поддержки своей подруги, должна найти в себе силы противостоять новым вызовам. Призраки, порожденные человеческими эмоциями, требуют от волшебниц новых подходов и решений. История Хомары продолжается в поисках смысла и цели в изменившемся мире, где каждая битва с призраками открывает новые грани ее внутреннего мира и помогает понять глубину изменений, внесенных Мадокой.
