В центре сюжета аниме "Призрак: Реквием по Призраку" - загадочный киллер Фантом, наводящий ужас на американскую мафию и уничтожающий её лидеров в интересах зловещей организации "Инферно". Его происхождение окутано тайной, а методы работы не оставляют свидетелей. Однако судьба подкидывает неожиданный поворот: молодой японец Рэйдзи становится случайным свидетелем одного из его убийств.
Рэйдзи, путешествующий по США в поисках своего прошлого, оказывается на грани смерти, но вмешательство босса "Инферно" меняет его жизнь навсегда. Вместо гибели парню предоставляется шанс стать новым исполнителем - после промывания мозгов и стирания памяти он превращается в Фантома.
Пробуждение Рэйдзи происходит в неизвестном месте, где ему встречается девушка по имени Айн, которая объявляет его своим стажером под кодовым именем Цвай. Вместе они проходят через жестокие испытания и участвуют в операциях "Инферно".
Со временем Цвай и Айн начинают понимать, что их новые жизни не могут длиться вечно. Осознавая свою утраченную память и настоящую сущность организации, они осознают необходимость борьбы за свободу и справедливость.
Аниме исследует темы идентичности, памяти и морального выбора в контексте жестокого мира киллеров и мафии. Герои сталкиваются с моральными дилеммами и пытаются найти свой путь к истине, несмотря на манипуляции "Инферно".