В центре сюжета фильма "Библиотечная война" - конфликт между цензурой и свободой слова в будущем мире, где книги стали оружием борьбы за идеалы. События разворачиваются в 2019 году, когда уже тридцать лет действует Закон о Развитии СМИ, позволяющий Вооруженному Секретному Подразделению Развития проводить цензуру под предлогом защиты прав человека и молодежи от вредного влияния литературы. В ответ на это принимается Закон о Свободе Библиотеки, дающий библиотекам право сопротивляться центральной власти.
Главная героиня, Сейка Ику Касахара, становится частью этой борьбы в качестве курсанта Медиа-Библиотечной Охраны - организации, защищающей книги и читателей от действий Комитета Развития СМИ. Конфликт между библиотеками и комитетом достигает критической точки, переходя в открытое противостояние с применением оружия.
Касахара оказывается в эпицентре борьбы за идеалы свободы и права на доступ к информации. Она сталкивается с моральными дилеммами, сложностями в отношениях между коллегами и личными испытаниями, ведь будущее слова и знания находится под угрозой цензуры.
Фильм исследует темы свободы выражения, ценности книг и борьбы за сохранение культурного наследия. Героиня и её товарищи по оружию стоят на защите идеи открытого общества, где каждый имеет право на информацию без ограничений со стороны государства.