Фильм "Цветы зла" рассказывает о Такао Касуге, молодом человеке, поглощенном чтением стихов Шарля Бодлера из сборника "Цветы зла". Он живет в небольшом городке и учится во втором классе старшей школы. Такао чувствует себя ущербным и безнадежно влюблен в одноклассницу Нанако Саэки, пытаясь заглушить свои переживания чтением поэзии.
Однажды после уроков он крадет спортивную форму Нанако, не осознавая полностью своих действий. Этот поступок приводит к встрече с еще одной одноклассницей, Савой Накамура, которая начинает шантажировать его. Накамура ищет партнера, готowego разделить ее темные страсти, и видит в Такао потенциал.
Под ее руководством Такао начинает понимать, что принятие своих темных желаний делает его сильнее и привлекательнее для окружающих. Нанако Саэки, кажется, впервые замечает его как личность. Однако цена этому превращению высока, и становится ясно, что путь Такао ведет к серьезным последствиям.
Фильм исследует темы взросления, самоидентификации и морального выбора через призму поэзии Бодлера и сложных отношений между главными героями.