В 2027 году, после разрушительной четвёртой неядерной войны, Нью Порт Сити всё ещё восстанавливается. Город потрясают взрывы самоходных бомб, а военный офицер, замешанный в незаконной торговле оружием, оказывается убитым. Расследование ведет Дайске Арамаки из Отдела общественной безопасности, который сталкивается с Мотоко Кусанаги - киборгом и хакером высшего класса, служащей в секретном подразделении.
Бато, коллега Арамаки, подозревает, что именно Кусанаги стоит за терактами. В это же время детектив Тогуса из префектуры Ниихама расследует два убийства: одного мужчину и проститутку. Между тем, за действиями Мотоко следит Куруцу - глава её подразделения, а также другие киборги-агенты.
Сюжет разворачивается в атмосфере недоверия и интриг, где каждый шаг героев может привести к новым открытиям или стать ловушкой. Взгляды пересекаются, информация обрывочна, а истина скрыта за множеством масок.
