В постапокалиптическом мире, где после Третьей мировой войны и ядерной катастрофы возник Нью-Токио, царит напряженная атмосфера. Внешне порядок, но под глянцевой оболочкой скрывается профашистское государство с жестоким режимом. Власти проводят тайные эксперименты над людьми в поисках способа создать новое оружие, обладающее парапсихическими способностями. Военные и правительство вступают в конфликт из-за этих опытов.
В центре событий двое подростков - Шотару Канэда и Тэйдзю Оцука, члены уличной банды. Они попадают в водоворот интриг после того, как их друг Кай, обладающий паранормальными способностями, становится объектом интереса военных. В Нью-Токио распространяется культ личности Акиры - легендарного мальчика с невероятной силой, чье имя стало символом надежды и страха.
Колониальный исследовательский центр, где проводились эксперименты над Каем, становится эпицентром противостояния между военными, правительством и культовыми фанатиками. Полковник Сикисима, руководитель проекта биологического оружия, стремится завершить его любой ценой, что приводит к катастрофическим последствиям для города.
Сюжет "Акиры" погружает зрителя в мир, где научный прогресс и религиозные верования сталкиваются с моральными дилеммами, а борьба за власть ведется на грани фола. Фильм поднимает вопросы о природе человеческого сознания, возможностях науки и ценах, которые приходится платить за стремление к господству над миром.