В центре сюжета аниме "Президент - горничная!" оказывается частная мужская школа Сэйка, которая ранее славилась непокорным поведением своих учеников. В попытках исправить ситуацию руководство вводит совместное обучение с девушками, однако изменения происходят не так быстро, как хотелось бы. Главной героиней становится Мисаки Аюдзава - талантливая спортсменка и отличница, которая стала первой женщиной на посту президента школьного совета. Она обладает сильным характером и решимостью изменить сложившуюся в школе атмосферу, стремясь навести порядок и дисциплину среди учеников.
Мисаки не только занимается управлением советом, но и сталкивается с различными трудностями, связанными с внедрением совместного обучения. Она сталкивается с сопротивлением как со стороны некоторых преподавателей, так и учеников, которые не готовы менять свои привычки и отношение к учебе. В этой борьбе Мисаки проявляет удивительную находчивость и лидерские качества.
Однако в аниме присутствует и комический элемент: Мисаки также работает горничной, что добавляет истории нотку легкой несерьезности и юмора. Её работа позволяет ей лучше понять жизнь учеников и учителей, а также находить компромиссы между различными группами в школе.
В процессе своей деятельности Мисаки сталкивается с рядом персонажей, каждый из которых по-своему влияет на её миссию. Среди них - ее верные друзья и помощники, которые поддерживают её стремления, а также противники, пытающиеся помешать изменениям. Взаимодействие с окружающими помогает Мисаки расти как личности и развивать свои лидерские качества.
История "Президент - горничная!" представляет собой смешение комедийных ситуаций с серьезными проблемами, которые школа Сэйка пытается преодолеть. Это аниме о том, как одна девушка может изменить целый мир вокруг себя, не теряя при этом своего человеческого лица и способности к сочувствию.