В центре сюжета картины "Абсолютный дуэт" находится Тоору Коконоэ - молодой человек, обладающий уникальной способностью создавать Клеймо, оружие души, которое появляется лишь у одного из тысячи. Это его особенность позволяет ему поступить в престижную академию Коурё, где учат боевым искусствам и развивают способности через материализацию собственной души силой воли.
Однако Клеймо Тоору необычно: вместо ожидаемого оружия он создаёт щит. Это открытие становится началом его приключений, ведь теперь перед ним стоит вопрос: кого или что так яростно защищает его душа? В академии Тоору встречает множество других студентов с подобными способностями, и среди них - девушка по имени Хилл Клиффорд. Их отношения складываются не сразу, но общая опасность и взаимная поддержка постепенно сближают их.
Сюжет разворачивается в мире, где Клейма используются для борьбы и самообороны, и Тоору со временем осознаёт, что его щит может быть ключом к разгадке многих тайн академии. Вокруг него возникает множество конфликтов: от личных противостояний с другими студентами до более серьёзных угроз, исходящих изнутри самой академии.
Каждый новый день приносит Тоору новые испытания, которые заставляют его глубже понять себя и свои способности. Он должен научиться контролировать своё Клеймо, чтобы защитить не только себя, но и тех, кого он считает важными в своей жизни. Ставки в этой игре высоки: речь идёт о выживании и самоопределении в мире, где сила духа является единственным надёжным оружием.
