В центре сюжета фильма "Несносные пришельцы" - необычная история о вторжении инопланетян на Землю, которое приводит к забавным и фантастическим событиям. Главный герой, школьник по имени Атару Моробоши, оказывается втянутым в эту историю против своей воли. Все начинается с того, что на планету прилетают пришельцы из расы О́ни, которые намерены подчинить себе человечество. Однако они соглашаются отложить свои завоевательские планы, если один человек сможет выполнить необычное задание: в течение десяти дней ему необходимо коснуться рожков дочери лидера пришельцев, Лам.
Выбор компьютера пришельцев падает на Атару. Никто не верит в его успех, но поддержка подруги Шинобу Мияке даёт ему силы бороться за победу. Она обещает выйти за него замуж, если он победит, что становится для Атару дополнительной мотивацией. В итоге, несмотря на все ожидания и скепсис окружающих, Атару удаётся коснуться рожков Лам, но его торжествующее восклицание "Ну теперь можно и жениться!" воспринимается пришельцем как предложение руки и сердца. С этого момента начинаются настоящие приключения для главного героя.
Лам влюбляется в Атару, несмотря на его репутацию неудачника и бабника. Он продолжает свои попытки завоевать внимание других девушек, игнорируя чувства Лам. Его неугомонный характер и постоянные приключения с пришельцами превращают жизнь Атару в череду забавных и нелепых ситуаций. Несмотря на все препятствия, включая динозавров, которые начинают крушить Токио, Атару умудряется избегать опасностей с невероятной ловкостью.
Фильм "Несносные пришельцы" - это ремейк популярного комедийного сериала 80-х годов и представляет собой смесь фантастики, романтики и юмора. Сюжет разворачивается вокруг любовного треугольника между Атару, Шинобу и Лам, где каждый новый день приносит новые испытания и комические ситуации.