Осень наступает, и вместе с ней приближается финал противостояния команды SEES со зловещими Тенями. Главный герой Макото и его товарищи готовы идти на крайности, чтобы положить конец Темному Часу. Они осознают, что могут потерять близких, и понимают важность того, что нужно защищать. В их жизни появляется новый персонаж - Рёджи Мочизуки, студент по обмену, который вносит изменения в ход событий.
Вокруг Макото нарастает напряжение, а каждое новое утро приносит новые испытания для команды SEES. Герои сталкиваются с необходимостью принять сложные решения и готовиться к неизбежным потерям. Их битвы становятся всё более отчаянными, ведь они осознают, что каждая победа может обернуться последней для кого-то из них.
В этом фильме "Персона 3. Фильм IV" команда героев стоит на пороге важных открытий и выборов, которые определят их будущее и смысл их борьбы против Теней.