В постапокалиптическом мире, где люди живут рядом с андроидами-авторейвами, происходит нечто необъяснимое: машины начинают проявлять признаки самосознания и совершать преступления. Инспектор Риэл Мэйер получает задание выяснить причины этих событий. В ходе расследования она встречается с Винсентом Лоу, работником управления авторейвов, который сталкивается с загадочным гуманоидом Прокси.
Прокси преследует Винсента, и его присутствие в жизни человека приводит к цепочке неожиданных событий. Риэл понимает, что за аномальным поведением андроидов стоит более глубокий смысл, и начинается её погружение в мир интриг и заговоров. Расследование приводит их к открытию секретной программы правительства, связанной с созданием гуманоида Прокси.
Сериал "Эрго Прокси" представляет собой смесь киберпанка, детектива и философских размышлений о природе сознания и человечности. В нём поднимаются вопросы идентичности, этики и морального выбора в условиях, когда границы между человеком и машиной становятся всё более размытыми.
Сюжет сериала наполнен напряжением и интригой, где каждый новый эпизод раскрывает новые аспекты мира, в котором люди пытаются найти своё место среди восставших машин. Риэл и Винсент вместе с Прокси отправляются в путешествие по разрушенному миру, стремясь разгадать тайну происхождения Прокси и понять, что же на самом деле движет андроидами.