В мире будущего, где технологии прочно вошли в жизнь каждого человека, команда 9 отдела сталкивается с новой угрозой - хакером, известным как Кукольник. После ухода Мотоко Кусанаги из команды, её бывший напарник Тогуса возглавил расширенный состав специалистов. Они пытаются разгадать серию запутанных преступлений, которые кажутся частью более широкого плана.
События развиваются стремительно: инциденты следуют один за другим, и каждый новый случай приводит к новым загадкам. Отношения между Бато и Мотоко остаются напряженными - их пути разошлись, но прошлое не отпускает. Кто скрывается за маской Кукольника? Какие тайны хранит Сообщество стабильной государственности?
В погоне за ответом команда 9 отдела сталкивается с вопросами идентичности и морали в эпоху, когда границы между человеком и машиной стираются. Каждое решение может привести к неожиданным последствиям, а каждый шаг - раскрыть новую грань сложного заговора.