В далеком прошлом три могущественных клана Японии создали ритуал для борьбы за Святой Грааль - артефакт, способный исполнить любое желание. Каждые два века маги-Мастера призывают из Акаши, мирового эфира, своих Слуг - героев истории и мифов, чтобы сразиться в смертельной битве за право обладания Граалем. Первые три войны закончились катастрофой, не приведя к цели.
На пороге Четвертой войны все предзнаменования указывают на то, что Святой Грааль будет найден и обретет нового владельца. В центре событий оказывается маг Кирицугу Эмий, стремящийся выиграть войну ради своего сына Шинджи. Он призывает Слуга - Артура, короля легенд, чтобы противостоять другим Мастерам и их могущественным союзникам.
Война разгорается на улицах городка Фуюки, где каждый участник готов пойти на все ради победы. Кирицугу и Артур сталкиваются с опасными противниками, включая Райдер и ее Слуга Сеибер, а также Кэйни и его Слуга Лансер. Каждый Мастер обладает уникальными способностями и стратегией, что делает битву за Грааль еще более жестокой и непредсказуемой.
Судьба: Начало раскрывает обстоятельства Четвертой войны за Святой Грааль, происходящие за десять лет до событий Fate/stay night. Это история о власти, амбициях и жертвах, которые готовы принести Мастера ради достижения своей цели.