Школьные дни - это история о Макото Ито, обычном японском школьнике, который не выделяется среди сверстников и даже не может подойти к девушке своей мечты, Котонохе, с которой он ежедневно видится в поезде. Его жизнь меняется, когда одноклассница Сэкай Сайондзи, заметив его неспособность завязать отношения, решает помочь ему.
Сэкай начинает действовать как посредник между Макото и Котонохой, пытаясь устроить их встречу. Однако ситуация осложняется, когда вокруг Макото начинают виться другие девушки, в том числе его подруга детства Каори Шиономия, которая также испытывает к нему нежные чувства.
Макото оказывается в центре внимания нескольких девушек, каждая из которых стремится завоевать его сердце. Их отношения становятся сложными и запутанными, а действия Макото влияют на динамику между ними. Он пытается поддерживать дружеские отношения со всеми, но это приводит к конфликтам и ревности.
В этой истории каждый выбор Макото влияет на развитие отношений с девушками, что в итоге может привести к неожиданным и даже трагическим последствиям. Школьные дни - это история о сложностях первого взрослого опыта любви, дружбы и предательства, где каждое решение героя имеет вес и меняет ход событий.