В центре сюжета - Макото Конно, семнадцатилетняя школьница, которая ведет не слишком образцовый образ жизни: опаздывает на уроки, проводит вечера в компании друзей. Ее жизнь кардинально меняется после того, как она случайно обретает способность перемещаться во времени. Эта способность открывается перед ней в тот момент, когда Макото пытается остановить часы, чтобы не опоздать на поезд.
Первым делом девушка решает исправить свой худший день - день, когда она не смогла сдать экзамен и потеряла возможность поступить в желаемый университет. Однако вскоре она понимает, что каждое ее вмешательство во временную линию имеет свои последствия. Макото начинает осознавать, что изменения прошлого могут привести к непредсказуемым результатам в настоящем.
Девушка сталкивается с дилеммой: стоит ли использовать свою силу для коррекции событий или же позволить судьбе идти своим чередом? В процессе своих временных путешествий Макото также пытается разобраться в чувствах к двум друзьям, Коскэ и Тиаки, которые оба тайно в нее влюблены.
С каждым новым прыжком во времени Макото все глубже погружается в сложности своих решений. Она сталкивается с моральными дилеммами и пытается найти баланс между тем, что она хочет изменить, и тем, что должно остаться неизменным. В поисках ответа на вопрос о смысле своей силы и своего существования, Макото постепенно учится ценить то, что у нее есть в настоящем.
Аниме "Девочка, покорившая время" - это не просто история о путешествиях во времени, но и глубокое размышление о важности каждого момента жизни, о том, как наши действия влияют на будущее, и о сложности выбора между личными желаниями и благом окружающих.