В альтернативной реальности начала XX века разворачивается история о девочке Сите, которая обладает могущественным Летающим Камнем. Этот артефакт становится объектом охоты как для агентов правительства, так и для воздушных пиратов, ведь он несет в себе огромную ценность. В попытке укрыться от преследователей, Сита встречает Падзу - мальчика, работающего в шахтерском городке. Вместе они выясняют, что Летающий Камень является ключом к древнему летающему острову Лапута, который считается лишь легендой.
Падзу, подмастерье инженера, и Сита, хранящая тайну камня, становятся союзниками в опасном путешествии. Их встреча происходит после того как Сита сбегает от пиратов вместе со своим братом, которые пытались использовать ее знания о камне для своих корыстных целей. В ходе приключений дети узнают о древней цивилизации, которая владела продвинутыми технологиями и построила Лапуту как убежище в небесах.
Их путь полон испытаний: они сталкиваются с различными врагами, включая военных, которые также стремятся завладеть камнем. Ситуация осложняется, когда выясняется, что брат Ситы продал информацию о камне военным в обмен на безопасность для себя и сестры.
Герои используют свои умения и изобретательность, чтобы вырваться из ловушек и преодолеть препятствия. Они летают на самодельном аэроплане, который Падзу помог построить, и их приключения ведут к открытию забытого острова, полного загадок и древних технологий.
История «Небесный замок Лапута» - это не только захватывающее путешествие в мир фэнтези, но и размышление о ценности дружбы, доверии и желании сохранить тайны прошлого от жаждущих власти.