В центре сюжета аниме "Дева Мария наблюдает за вами" - жизнь в вымышленной школе святой Лилианы, где старшеклассницы опекают младших, называя их сестрами. Система взаимоотношений между ученицами строго регламентирована и поддерживается советом Ямаюрикай, состоящим из трех Роз: Хиненсис, Фетида и Гигантея. Огасавара Сатико, бутон Розы Хиненсис, является примером для подражания - она красива, умна и вскоре может занять место в Ямаюрикай. Однако у Сатико есть свои слабости: она не терпит неряшливости и избегает общения с мужчинами.
Сатико стремится найти себе младшую сестру, но её предложение отвергла первокурсница Симако, предпочтя Розу Гигантею. Взаимоотношения между ученицами школы святой Лилианы наполнены дружбой, соперничеством и взаимоподдержкой. Каждый день в стенах этой школы приносит новые испытания и открытия для его обитательниц, показывая сложность человеческих отношений и важность поддержки со стороны близких по духу людей.
