В центре сюжета аниме "Мой сосед Сэки" - ученица средней школы Ёкой, которая вынуждена отвлекаться на необычные увлечения своего соседа по парте, мальчика по имени Сэки-кун. Вместо того чтобы слушать учителей и заниматься уроками, он создает настоящие миниатюрные шедевры прямо за партой: от игры в гольф до эпических битв бумажных фигурок. Ёкой не может устоять перед желанием наблюдать за этими забавными сценариями, которые разворачиваются на глазах у всего класса. Сэки-кун проявляет изобретательность и остроумие в своих играх, превращая обычные школьные часы в захватывающее зрелище для своей соседки по парте. Несмотря на то что Ёкой пытается сосредоточиться на учебе, она не может игнорировать творческие и забавные приключения Сэки-куна, которые становятся источником постоянного развлечения и отвлекают ее от школьной рутины.
