В 2015 году в Токио-3 разгорается борьба за выживание человечества. После катастрофического Второго удара, который привёл к таянию Антарктиды и глобальной катастрофе, люди столкнулись с новой угрозой - Ангелами, загадочными существами, атакующими Землю. Единственная защита от них - гигантские роботы серии «Евангелион», созданные с помощью биотехнологий.
14-летний Синдзи Икари, направлявшийся к своему отцу, руководителю организации NERV, оказывается в эпицентре атаки Ангела. Встретив капитана Мисато Кацураги, он добирается до подземного штаба NERV, где выясняет, что должен стать пилотом робота и сразиться с врагом.
Синдзи, полный ненависти к отцу, который, как ему казалось, бросил его, неожиданно оказывается в кабине «Евангелиона». Его первые шаги в роли пилота сложны и эмоционально напряжены. Но именно он и другие подростки становятся ключом к борьбе с Ангелами.
В ходе сериала раскрывается, что управление «Евангелионами» возможно только для определённых детей, ведь в каждом роботе заключена душа их матерей. Это добавляет глубины конфликту и личным отношениям героев.
Синдзи, Рей Аянами и другие пилоты сталкиваются не только с внешней угрозой Ангелов, но и внутренними демонами, пытаясь найти своё место в мире, где взрослые кажутся потерявшими контроль над ситуацией. «Евангелион» - это не просто история о меха-роботах, но и глубокий психологический портрет подростков, их страхов и надежд.