В центре аниме "Не издевайся, Нагаторо" - история о необычных отношениях между двумя школьниками: робким художником Наото Хатиодзи и озорной старшеклассницей Хаясэ Нагаторо. Все начинается с того, что Нагаторо вместе со своими друзьями находит рисунки Наото в библиотеке и решает подшутить над ним. Она начинает издеваться над парнем, заставляя его выполнять различные задания и просьбы, которые выходят далеко за рамки обычного общения между сверстниками.
Наото, хотя и чувствует себя неловко и смущенно в присутствии Нагаторо, постепенно привыкает к ее проделкам. С течением времени он осознает, что на самом деле ему не так уж и неприятны их встречи, а шутки и подколки девушки начинают вызывать у него не раздражение, а скорее интерес и даже радость.
Между молодыми людьми завязывается своеобразная дружба, полная юмора и легкого флирта. Нагаторо продолжает свои издевательства, но они уже больше напоминают игривые подзадоривания, а не настоящую насмешку. Наото же, в свою очередь, становится более открытым и уверенным в общении с девушкой.
История "Не издевайся, Нагаторо" раскрывает тему дружбы и первых шагов к взаимопониманию между молодыми людьми, показывая, как иногда шутки и поддразнивания могут стать началом чего-то большего.