В центре сюжета аниме "Девочка-волшебница Мадока" - 14-летняя школьница Мадока Канамэ, которая ведет обычную жизнь в современной Японии. Все меняется после странного сна о темноволосой девочке и битве с неведомыми силами. На следующее утро Мадока встречает в школе Хомуру Акэми, новую ученицу, предупреждающую о возможных опасностях вмешательства в чужие дела.
События принимают неожиданный оборот, когда Мадока становится свидетельницей гибели милого зверька и замечает аномалии в окружающем мире. Её стремление к справедливости и честность побуждают ее узнать больше о происходящем.
Вскоре девушка выясняет, что Хомура - волшебница, сражающаяся против злых существ, и получает предложение от загадочного существа по имени Кюберий, которое предлагает ей стать волшебницей. Это решение влечет за собой серьезные последствия, так как Мадока узнает о темной стороне волшебства и высокой цене, которую придется заплатить за новые способности.
Аниме исследует темы дружбы, любви, жертвы и морального выбора через призму фэнтезийного мира, где герои сталкиваются с непростыми решениями и сложными этическими дилеммами. "Девочка-волшебница Мадока" выходит за рамки традиционных аниме о волшебстве, предлагая зрителям глубокий и многогранный рассказ о подростковых переживаниях и взрослении.