В центре сюжета аниме "Пираты «Чёрной лагуны»" находится группа наёмников, занимающихся доставкой грузов в Южно-Китайском море. Их работа часто выходит за рамки закона, и они сталкиваются с опасностями темного мира международных преступлений. Главный герой, Рок, начинает свой путь как обычный офисный работник компании "Розенмайер Индастриз", но после похищения в ходе одной из операций он меняется до неузнаваемости и становится частью экипажа пиратского корабля "Чёрная лагуна". Вместе с капитаном Дэйви Джонсом, механиком Монтилуо и загадочной девушкой Фейт они берутся за самые рискованные задания.
Экипаж "Чёрной лагуны" сталкивается с различными мафиозными группировками, включая китайские триады, итальянскую мафию, колумбийских наркоторговцев и даже российских преступников. Их путь пролегает через порты Юго-Восточной Азии, где они сталкиваются с жестокой реальностью борьбы за власть в Роанапуре - мифическом городе пиратов восточных морей.
Сериал разделен на два сезона, которые логически продолжают друг друга и обладают единой нумерацией серий. Третий сезон вышел в формате OVA и состоит из пяти частей, последняя из которых была выпущена в 2011 году. "Пираты «Чёрной лагуны»" - это история о выживании, предательстве, дружбе и поиске своего места в мире, где закон и моральные принципы часто игнорируются в погоне за властью и богатством.
