В аниме "Исчезновение Харухи Судзумии" мир для главного героя Кёна кардинально меняется после обычного школьного дня. Все начинается с того, что Харухи решает устроить рождественскую вечеринку, но на следующий день она исчезает из жизни Кёна: она больше не ходит в их школу, а члены её неформального кружка "Команда SOS" забыли о его существовании. Нагато перестаёт быть пришельцем, Микуру теряет свои экстрасенсорные способности, становясь обычной студенткой.
Кён пытается понять происходящее и восстановить потерянное. Он осознаёт, что мир вокруг него был изменён неким неизвестным событием или силой, и его друзья больше не помнят о своих уникальных способностях и о Харухи. В поисках ответов Кён сталкивается с новыми персонажами, которые могут иметь отношение к исчезновению Харухи.
Фильм "Исчезновение Харухи Судзумии" продолжает историю, начатую в телевизионном аниме "Меланхолия Харухи Судзумии", и представляет собой глубокое погружение в мир фантастики и альтернативных реальностей через призму восприятия главного героя. Сюжет затрагивает темы памяти, идентичности и силы влияния одного человека на окружающий его мир.