В аниме "Стальной алхимик: Завоеватель Шамбалы" продолжается история Эдварда Элрика, который два года назад попал в наш мир из своего родного, где остались его друзья и младший брат Альфонс. В Мюнхене 1923 года он занимался исследованиями в области ракетной техники вместе с Альфонсом Хайдерихом, похожим на его брата, надеясь найти путь домой. Все попытки были безуспешны, пока не появилась информация об Обществе Туле, связанном с нацистами и обнаружившем ключ к Шамбале - мистической стране.
Эдвард видит в этом шанс вернуться к брату и возобновляет свои поиски. В то же время Альфонс в родном мире погружается в тайны алхимии, стремясь воссоединиться с Эдвардом. Мир аниме сочетает алхимию как науку с технологическим прогрессом начала XX века, что создаёт уникальный фон для приключений героев.
Эдвард, лишённый возможности использовать алхимию в нашем мире, находит союзников и врагов среди людей, знакомых с оккультизмом. Его стремление к возвращению домой приводит к столкновениям с представителями Общества Туле, которые также интересуются Шамбалой по своим причинам. Эдвард должен решить, насколько далеко он готов зайти в своих поисках и какие жертвы принести ради воссоединения со своей семьёй и возвращения в свой мир.
Этот фильм является прямым продолжением аниме-сериала "Стальной алхимик" и углубляет темы, поднятые в оригинальной истории: ценность семьи, жертвы ради высшей цели и сложности морального выбора.