В центре сюжета сериала "Отчаянные меры" находится американская атомная подводная лодка "Колорадо", экипаж которой оказывается в сложной ситуации после получения необычного приказа. Капитан Маркус Чаплин и его команда получают по радиоканалу, предназначенному для экстренных случаев, указание нанести ядерный удар по Пакистану. Сомневаясь в законности и обоснованности такого действия, капитан требует подтверждения приказа. В результате непредвиденного поворота событий старший помощник командира Сэм Кендал берёт на себя командование подлодкой.
Когда Кендал отказывается выполнять приказ без дополнительных инструкций, "Колорадо" подвергается атаке, в ходе которой получает повреждения. Экипажу приходится защищаться и маневрировать, чтобы выжить. В итоге подводная лодка оказывается на дне океана, а её команда объявляется врагами США. Отрезанные от всего мира и преследуемые собственным правительством, Чаплин и Кендал принимают решение выбраться на берег одного из островов.
На новом месте они стремятся найти убежище и возможность начать новую жизнь. Однако герои не собираются сдаваться без боя и пытаются доказать свою невиновность, стремясь очистить свои имена и вернуться домой. Сериал погружает зрителя в мир моральных дилемм, сложных решений и борьбы за выживание, где каждый выбор может иметь фатальные последствия.
Сериал "Отчаянные меры" сочетает в себе элементы драмы, триллера, боевика, фантастики и детектива, создавая напряжённую атмосферу, которая держит зрителя в напряжении от начала до конца каждой серии.