В далеком будущем, в 9784 году, мир на грани катастрофы: ницшеанцы восстали против Содружества Систем, стремясь к власти и свободе от его контроля. Началась война, которая могла перевернуть судьбы галактики. В ответ Содружество отправляет свой флагман "Созвездие Андромеды" под командованием капитана Дилана Ханта. Но мощный корабль оказывается в ловушке вражеского флота.
Отчаянная ситуация заставляет капитана приказать эвакуацию, и "Андромеда" с Хантом попадает в аномалию у черной дыры в системе Гефеста. Временная петля замораживает их на 303 года, в то время как во вселенной разгорается хаос "Долгой Ночи". Содружество падет, но мечты ницшеанцев о империи так и не сбываются.
Проходит три века. Корабль "Эврика Мару" под командованием Беки Валентайн находит "Андромеду" и освобождает ее из плена времени. Для Ханта прошло всего мгновение, но вселенная изменилась до неузнаваемости. Вместе с новыми союзниками он берется за миссию по восстановлению Содружества Систем, осознавая, что путь будет долгим и полным опасностей.
