Сериал "Черные паруса" переносит нас в 1715 год, эпоху расцвета пиратства на Карибах. Главным антагонистом британского флота становится капитан Флинт, бесстрашный предводитель пиратов, засевших на острове Нью-Провиденс. Этот остров стал убежищем для самых известных морских разбойников своего времени и зоной полного отсутствия закона.
Флинт, руководствуясь сложными мотивами, вступает в альянс с Элеонорой Гатри - наследницей местного воротилы, который превращает пиратскую добычу в свой бизнес. Вместе они разрабатывают план, нацеленный на получение самой большой награды, которая поможет отразить угрозу британцев и сохранить независимость острова.
Вокруг Флинта и Элеоноры возникают различные соперники: один из капитанов пиратских кораблей, завидующий власти Флинта, отец девушки с собственными амбициями, стремящийся к контролю над островом, что приводит к конфликту с дочерью. Также в их рядах появляется Джон Сильвер - молодой моряк, принятый в команду Флинта, чьи действия постоянно подрывают планы капитана.
Сериал служит приквелом к знаменитому роману Стивенсона "Остров сокровищ", вводя зрителей в мир пиратских приключений и политических интриг. В центре сюжета - борьба за власть, выживание и личные отношения главных героев на фоне грозного моря и непрекращающихся битв.